Ранний скриншот Counter-Strike, изображающий контр-террориста

Идейными вдохновителями и первыми разработчиками Counter-Strike стали Minh „Gooseman“ Le и Jess „Cliffe“ Cliffe (Minh Le(англ.), Jess Cliffe(англ.)). В январе 1999 Minh Le заканчивает свою деятельность в разработке модификации Quake 2 — Action Quake2, он хочет создать свою собственную многопользовательскую online-игру. В 1998 году в свет выходит Half-Life, а в свободном доступе появляется SDK-набор для создания модов к нему. Зимой 1999 Minh Le начинает заниматься моделированием и программированием для своей новой (пока что безымянной) игры, Jess Cliffe помогает ему, а также занимается раскруткой проекта. В середине марта того же года было придумано название для игры — Counter-Strike, — появляются первые сайты, посвященные ей. Первая бета-версия мода была выпущена 19 июня 1999 года, а осенью того же года появляются первый online-сервер. Будучи бесплатной, Counter-Strike стремительными темпами завоёвывает аудиторию, конкурируя с такими коммерческими проектами, как Quake III и Unreal Tournament.
Весной 2000 года к проекту подключается Valve, обещая материальную и моральную поддержку. Компания выкупила игру, наняв Minh Le и Jess Cliffe в свой штат, а 8 ноября 2000 состоялся релиз игры Counter-Strike 1.0.